[MITgcm-support] errors in OB location vs Mask

kunal madkaiker kunal.madkaiker02 at gmail.com
Wed Aug 25 09:07:23 EDT 2021


Dear All,

I have a complicated topography on the northern side (fig2.gif attached),
which I need to keep open. I am forcing in XZT (660*48*31) direction, where
the first 550 points are zeros.

The error I get is:
(PID.TID 0000.0001) *** ERROR *** OBCS_CHECK:    58 errors in OB location
vs Mask
(PID.TID 0000.0001) *** ERROR *** S/R ALL_PROC_DIE: ending the run

I have referred closely to
https://mitgcm.readthedocs.io/en/latest/phys_pkgs/obcs.html#fig-obcsexample
but I am unable to prescribe NOBC properly.
As explained in the example, when I prescribe values on the LAST land point
of bathymetry, model runs properly but I don't see the effect of the OB
cascading on S,T,U,V (seems like no NOBC given).
When I force values on the immediate wet points below, I get the above
error.

If I change OBCSfixTopo=.TRUE., to FALSE, errors increase from 58 to 63. I
am not understanding how/why the model is showing 58 errors out of the 111
boundary points.

Currently, I have commented the OBNFiles and prescribed ref values through
obcs_calc.f (s=0, t=20, u=0, v=-1)
Attaching my data.obcs, STDOUT.0000 files. Also, I have listed bathymetry
values for (I=549:660) along the northern boundary which I am attaching
(Bay.txt).
Kindly assist.

Regards,
Kunal
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             VARIABLE : IF (B1 LT 0 AND B1 GE -10) THEN (-10) ELSE B1
             FILENAME : BOCO_mindep10.nc
             SUBSET   : 16 by 36 points (LONGITUDE-LATITUDE)
                 86.934E86.98E 87.025E87.071E87.116E87.162E87.207E87.253E87.298E87.344E87.389E87.435E87.48E 87.526E87.571E87.617E
                 549    550    551    552    553    554    555    556    557    558    559    560    561    562    563    564
 23.003N / 415:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.957N / 414:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.911N / 413:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.865N / 412:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.819N / 411:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.773N / 410:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.727N / 409:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.681N / 408:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.635N / 407:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.59N  / 406:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.544N / 405:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.498N / 404:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.452N / 403:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.406N / 402:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.36N  / 401:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.314N / 400:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.268N / 399:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.222N / 398:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.176N / 397:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.131N / 396:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.085N / 395:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.039N / 394:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.993N / 393:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.947N / 392:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.901N / 391:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.855N / 390:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.809N / 389:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.763N / 388:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.717N / 387:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.672N / 386:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.626N / 385:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00 -10.00
 21.58N  / 384:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00
 21.534N / 383:   ....   ....   ....   ....   ....   .... -39.07 -29.70 -10.00 -16.79 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00
 21.488N / 382:   ....   ....   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00
 21.442N / 381:   ....   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00
 21.396N / 380:   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.51 -10.00 -12.00 -12.00 -10.00 -10.00
             VARIABLE : IF (B1 LT 0 AND B1 GE -10) THEN (-10) ELSE B1
             FILENAME : BOCO_mindep10.nc
             SUBSET   : 16 by 36 points (LONGITUDE-LATITUDE)
                 87.662E87.708E87.753E87.799E87.844E87.89E 87.935E87.981E88.026E88.072E88.117E88.163E88.208E88.254E88.299E88.345E
                 565    566    567    568    569    570    571    572    573    574    575    576    577    578    579    580
 23.003N / 415:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.957N / 414:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.911N / 413:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.865N / 412:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.819N / 411:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.773N / 410:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.727N / 409:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.681N / 408:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.635N / 407:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.59N  / 406:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.544N / 405:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.498N / 404:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.452N / 403:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.406N / 402:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.36N  / 401:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.314N / 400:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.268N / 399:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.222N / 398:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.176N / 397:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00   ....   ....   ....   ....
 22.131N / 396:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00   ....   ....   ....
 22.085N / 395:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00   ....   ....   ....
 22.039N / 394:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00   ....   ....   ....
 21.993N / 393:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00   .... -10.00   ....   ....   ....   ....
 21.947N / 392:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00   .... -10.00   ....   ....   ....   ....   ....
 21.901N / 391:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00   ....   ....   ....   ....
 21.855N / 390:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00   ....   ....   ....   ....
 21.809N / 389:   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.763N / 388:   ....   ....   ....   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00   ....   .... -10.00   ....   ....   ....
 21.717N / 387:   ....   ....   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.672N / 386:   ....   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -12.60   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 21.626N / 385: -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00   .... -10.00   ....   .... -10.00   ....
 21.58N  / 384: -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00   ....   .... -10.00
 21.534N / 383: -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00   .... -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00
 21.488N / 382: -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00
 21.442N / 381: -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00
 21.396N / 380: -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00 -10.00
             VARIABLE : IF (B1 LT 0 AND B1 GE -10) THEN (-10) ELSE B1
             FILENAME : BOCO_mindep10.nc
             SUBSET   : 16 by 36 points (LONGITUDE-LATITUDE)
                 88.39E 88.435E88.481E88.527E88.572E88.618E88.663E88.709E88.754E88.8E  88.845E88.891E88.936E88.982E89.027E89.072E
                 581    582    583    584    585    586    587    588    589    590    591    592    593    594    595    596
 23.003N / 415:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.957N / 414:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.911N / 413:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.865N / 412:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.819N / 411:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.773N / 410:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.727N / 409:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.681N / 408:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.635N / 407:   ....   ....   .... -10.00   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.59N  / 406:   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.544N / 405:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00   ....
 22.498N / 404:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.452N / 403:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.406N / 402:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.36N  / 401:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.314N / 400:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.268N / 399:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   .... -10.00
 22.222N / 398:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.176N / 397:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.131N / 396:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
 22.085N / 395:   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....   ....
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