<div dir="ltr"><div><p>Dear MITgcm users,</p>
<p>I am setting up a small lake experiment with <strong>Gaussian bathymetry, a dry shelf band, and a shallow “moat” region (within 400 m of shoreline, depth ≤ 5 m) where I apply RBCS restoring toward 4 °C</strong>.</p>
<p>My input files are generated with a MATLAB script (attached) that writes:</p>
<ul>
<li>
<p><code>Depth.bin</code> (outside/shelf = 0 m),</p>
</li>
<li>
<p><code>hFacC.bin</code> with proper partial cells,</p>
</li>
<li>
<p><code>rbcs_mask.bin</code> limited to shallow moat layers only (z_mid ≤ moat_depth, hFacC > 0),</p>
</li>
<li>
<p><code>rbcs_Tr1_fld.bin</code> set to 4 °C inside the mask.</p>
</li>
</ul>
<p>At model start (<code>t=1</code>), the RBCS mask behaves correctly (restricted to the top ~5 m near the boundary). However, after just 2–3 timesteps, the RBCS influence appears to extend vertically to the bottom (see attached figure with Y–Z sections at t=1 and t=3). This was unexpected because the written <code>rbcs_mask.bin</code> only has ones in shallow moat layers.</p>
<p>I also noticed some sensitivity to shelf dry points: despite setting <code>Depth=0</code> and checking that <code>hFacC=0</code> in the shelf region, I worry that something in RBCS or partial cells may be activating those points during runtime.</p>
<p><strong>My questions:</strong></p>
<ol>
<li>
<p>Has anyone seen RBCS restoring “leak” into deeper layers, even if the input mask is strictly shallow?</p>
</li>
<li>
<p>Is there an additional runtime parameter (e.g. in <code>data.rbcs</code> or <code>data</code>) needed to prevent the restoring from being applied throughout the column?</p>
</li>
<li>
<p>What is the recommended way to guarantee that RBCS remains limited to the intended top layers throughout the run (not just in the input mask)?</p>
</li>
<li>
<p>Any best practices for handling dry shelf points with RBCS in lakes or enclosed basins?</p>
</li>
</ol>
<p>I have attached both my MATLAB setup script (<code>setup_gaussian_lake_rbcs_revised_v2.m</code>) and the figure (<code>vertical_section_temperature.jpg</code>).</p>
<p>Best regards,</p></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Fatemeh Sadat Sharifi<br>Ph.D. Candidate at<br>The Leibniz Institute of Freshwater<div> Ecology and Inland Fisheries (IGB)<br></div></div></div></div></div>