<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="overflow-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);">Hi Juncheng,</span>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><br>
</div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);">It depends on whether the bathy.bin file is written in big endian or small endian but I usually read binary files in Python as the following:</div>
<blockquote style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); margin: 0px 0px 0px 40px; border: medium; padding: 0px;">
<div>f = open( ‘bathy.bin', ‘r' )</div>
<div>Bathy = np.fromfile( f, '>f4’ ).reshape([ny, nx])</div>
</blockquote>
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);">where ny and nx are the number of grid points.</span>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><br>
<div>As for modifying the tutorial bottom topography for your new SIZE.h file, I would suggest a linear interpolation.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Takaya</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On Oct 15, 2024, at 11:13 PM, Juncheng Zhang <juncheng.zhang@mail.utoronto.ca> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div>
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;"><span style="font-size: 11pt;">Hi,<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;"><span style="font-size: 11pt;"><o:p> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;"><span style="font-size: 11pt;">I hope you are doing well.<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;"><span style="font-size: 11pt;"><o:p> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;"><span style="font-size: 11pt;">I am Juncheng, one of PhD student in University of Toronto, and I am trying to run a tutorial simulation with MITgcm, for example the Baroclinic_ocean_gyre,
 however, I had several questions:<o:p></o:p></span></div>
<ul type="disc" style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0cm;">
<li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;">
<span style="font-size: 11pt;">I want to change the grid numbers, I try to change the grid parameters in SIZE.h and data files, when I run the simulation, I had some error which is related to the bathy.bin file due to the changed grids. I am wondering what
 is a good way to change the grid numbers.<o:p></o:p></span></li><li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;">
<span style="font-size: 11pt;">I try to open the bathy.bin file in Jupyter Notebook, however, it can not be opened,<o:p></o:p></span></li></ul>
<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 36pt; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;">
<span style="font-size: 11pt;">Error: bathy.bin is not UTF-8 encoded saving disabled. See console for more details<o:p></o:p></span></div>
<ul type="disc" style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0cm;">
<li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;">
<span style="font-size: 11pt;">I am also curious about if I want to change the bottom topography, what should I do to modify it.<o:p></o:p></span></li></ul>
<div style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;"><span style="font-size: 11pt;">I hope you can give me some advice to solve the issues.<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;"><span style="font-size: 11pt;"><o:p> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;"><span style="font-size: 11pt;">Thank you very much, and have a good day!<o:p></o:p></span></div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 6pt; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(0, 127, 163);"><o:p> </o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 6pt; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;">
<b><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(0, 127, 163);">Kind Regards<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 6pt; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;">
<b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(30, 55, 101);">Juncheng Zhang</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif;"><br>
<span style="color: rgb(0, 127, 163);">PhD Student,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 6pt; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(0, 127, 163);">Earth, Atmospheric, and Planetary Physics</span><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif;"><br>
<br>
<span style="color: rgb(30, 55, 101);">Department of Physics<br>
University of Toronto<br>
McLennan Physical Laboratories<br>
60 St Gorge St<br>
Toronto, Ontario, M5S 1A7<br>
<br>
</span><a href="mailto:juncheng.zhang@mail.utoronto.ca"><span style="color: rgb(5, 99, 193);">juncheng.zhang@mail.utoronto.ca</span></a><br>
<br>
</span><a href="https://www.physics.utoronto.ca/" originalsrc="https://www.physics.utoronto.ca/" shash="Q4Vwjgi++/bejtot2DIV44DkodQI0kJ6OfsJtlEMTORDq8CBnegg1e/mLBxCEqSpXVxu1EhSSXTaXLpD7Ybvb8bGHaxQIkdBwXjHoTtwt+JsUrVr46r4QGbdrDXMpUYmbnOczZjJnMZnBI9V3LhIkkwN+LA3C2zHRiiMHGWgJxU="><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(0, 120, 148); text-decoration: none;"><span id="cid:image001.jpg@01DB1F56.BF7D25A0"><image001.jpg></span></span></b></a><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif;"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div style="margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif;"><o:p> </o:p></div>
</div>
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;">MITgcm-support
 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
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