<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hello all,</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
   My colleague and I have been working on adjoint sensitivity setup & simulations</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
based on global coarse resolution biogeochemistry model (<a href="https://github.com/MITgcm/MITgcm/tree/master/verification/tutorial_global_oce_biogeo" id="LPlnk">https://github.com/MITgcm/MITgcm/tree/master/verification/tutorial_global_oce_biogeo</a>),</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
similar configurations but we have our own customization.</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
    We manage to compile the model and run adjoint test simulations. However, the model crashes</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
(with segmentation fault) towards the end of adjoint simulations and we would like your advice to</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
figure out why this is happening. The strange part is that we manage to successfully run at one point</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
but when try to reproduce with the exact same setting (on the same HPC) it starts to crash again...</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Roughly speaking 1 out of 5 times it runs successfully but most of the time crashes at the same point.</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
We are puzzled because we are using the exact same settings/executable every time and wondering what causes</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
this unstable situation. The environment should be the same everytime we run the model.</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
    Does anyone have similar experiences? Here is the code/configuration I have been working on with my colleague Dani Jones.</div>
<div style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<a href="https://github.com/ytakano3/MITgcm_BGC_Model_Config" target="_blank" id="OWA9909b6f4-e03b-8e5c-0759-3a6dedf040ec" class="OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" data-auth="NotApplicable" data-linkindex="0" data-loopstyle="linkonly" style="margin: 0px;">https://github.com/ytakano3/MITgcm_BGC_Model_Config</a></div>
<div style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
   In "global_ocn3deg_bgcv0" you see "code_ad" and "input_ad/input_ad_kpp_atmco2pv0" and you can compile</div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
(with TAF) and run the model. It is 2 years test run. When I am trying this, it fails (i.e. segmentation fault) most of the time but </div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
again say 1 in 5 times the model runs successfully... We would like to figure out why this is happening, why it gets unstable so </div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
let me know if you have thoughts on this.</div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
   Sorry about the long e-mail but please let me know if anything is unclear. Thank you in advance.</div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Regards,</div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Yohei</div>
<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
    </div>
<br>
<br>
This email and any attachments are intended solely for the use of the named recipients. If you are not the intended recipient you must not use, disclose, copy or distribute this email or any of its attachments and should notify the sender immediately and delete
 this email from your system. UK Research and Innovation (UKRI) has taken every reasonable precaution to minimise risk of this email or any attachments containing viruses or malware but the recipient should carry out its own virus and malware checks before
 opening the attachments. UKRI does not accept any liability for any losses or damages which the recipient may sustain due to presence of any viruses.<br>
<br>
</body>
</html>