<div dir="ltr">Hi Martin,<div><br></div><div>Thanks for pointing out diags_phi_hyd.F for me to start.</div><div>I believe I am still confused with the difference of totPhiHyd between r and r* coordinates.<br></div><br>With your kind comments and the help page (<a href="https://mitgcm.readthedocs.io/en/latest/algorithm/nonlinear-freesurf.html" target="_blank">2.10.2.1. Pressure/geo-potential and free surface</a>), I could understand the top part (line 62) of diags_phi_hyd.F.<div>Could you please have a look at my interpretation? Is that correct?<div><br></div><div>(if only consider first grid,)<br></div><div><a href="http://help.page" target="_blank">help.page</a>:</div><div>PHI = PHI_reference.state [ g*rho_const*abs(z1) ] </div><div>       + PHI' [ totPhiHyd ]<br></div><div>& PHI' = PHI_s [ g*eta ]                   <--> could be considered as barotropic pressure/rho_const?</div><div>           + PHI'_hyd [ g*(rho1-rho_const)*abs(z1)/rho_const ]  <--> baroclinic pressure/rho_const?<br></div><div><br></div><div>line 62: </div><div>totPhiHyd(i,j,k,bi,bj)            <--> PHI'</div><div>       = phiHydC(i,j)              <--> PHI'_hyd</div><div>       + Bo_surf(i,j,bi,bj)*etaN(i,j,bi,bj)    <--> PHI_s<br>       + phi0surf(i,j,bi,bj)          <--> EXFpress<div><br></div><div>that is,</div><div>geo-potential f(x,y,z) = reference state f(z) + barotropic part f(x,y) + baroclinic part f(x,y,z) + other surface terms <br></div><div>Now I guess the ECCO variable PHIHYD I plotted could probably be the baroclinic part only. (?)  <br></div><div><br></div><div><br></div><div>The next part, line 107, is it physically the same as totPhiHyd in line 62, but only in r* coordinate?</div><div>The value of line 62 should be the same as line 107?</div><div>Why does the reference state come into the equation?</div><div><br></div><div>dPhiRef =( Ro_surf(i,j,bi,bj)-rC(k) )*gravity            <--> PHI_reference.state<br></div> totPhiHyd(i,j,k,bi,bj) </div><div>      = phiHydC(i,j)*rStarFacC(i,j,bi,bj)<br>       + MAX( dPhiRef, 0. _d 0 ) *( rStarFacC(i,j,bi,bj) - 1. _d 0 )<br>       + phi0surf(i,j,bi,bj)<br><div><br></div>Thank you for your time,<br>Many thanks,<br><br>CJ</div></div><div><br></div></div>