<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hi Martin,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Apologies for the delay, I've been distracted by other tasks.  I've just got around to sorting this out again.  I have a couple of remaining questions:</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<ul>
<li><span>If I set <span style="color:rgb(33, 33, 33);font-family:"Segoe UI", "Segoe WP", "Segoe UI WPC", Tahoma, Arial, sans-serif;font-size:13.32px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">nSetRegMskFile=1, <span style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:16px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">and
 so compute my statistics at only 1 level, how do I choose the level?  I can't see an obvious way to choose the level. </span></span></span></li><li style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); display: block;">
<span style="color:rgb(33, 33, 33);font-family:"Segoe UI", "Segoe WP", "Segoe UI WPC", Tahoma, Arial, sans-serif;font-size:13.32px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important"><span style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:16px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important"><br>
</span></span></li><li style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="color:rgb(33, 33, 33);font-family:"Segoe UI", "Segoe WP", "Segoe UI WPC", Tahoma, Arial, sans-serif;font-size:13.32px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important"><span style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:16px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">To
 try and understand what is happening, I downloaded the binary file <span style="color:rgb(33, 33, 33);font-family:"Segoe UI", "Segoe WP", "Segoe UI WPC", Tahoma, Arial, sans-serif;font-size:13.32px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">regMask_lat24.bin<span style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:16px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important"> and
 read it into Python (using dat = np.fromfile('regMask_lat24.bin', dtype='>f4') ).  The array 'dat' has length Nx*Ny*2, where Nx and Ny are the number of points along x and y coordinates, respectively.  First of all, following your advice I was expecting dat
 to have length Nx*Ny..?  The values in dat are strange, with non-integers appearing, whereas I was expecting only 0s and 1s.  So either I have read in the binary incorrectly, or I am missing some information about how this works.</span></span></span></span></li></ul>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Many thanks,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Paul</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div id="Signature">
<div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<div style="margin:0px;font-size:15px;font-family:"Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Segoe UI", -apple-system, system-ui, Roboto, "Helvetica Neue", sans-serif;color:rgb(32, 31, 30);text-align:start;background-color:rgb(255, 255, 255)">
<p style="font-size:11pt;font-family:Calibri, sans-serif;margin:0px"><span style="color: rgb(12, 100, 192);"><u>                                                                                      </u></span></p>
<p style="font-size:11pt;font-family:Calibri, sans-serif;margin:0px"><span style="margin:0px;color:rgb(31, 78, 121)">Dr Paul Burns MInstP FRMetS</span></p>
<p style="font-size:11pt;font-family:Calibri, sans-serif;margin:0px"><span style="margin:0px;color:rgb(31, 78, 121)">Research Fellow</span></p>
<p style="font-size:11pt;font-family:Calibri, sans-serif;margin:0px"><span style="margin:0px;color:rgb(31, 78, 121)">Geophysical and Astrophysical Fluid Dynamics Group</span></p>
<p style="font-size:11pt;font-family:Calibri, sans-serif;margin:0px"><span style="margin:0px;color:rgb(31, 78, 121)">Department of Mathematics</span></p>
<p style="font-size:11pt;font-family:Calibri, sans-serif;margin:0px"><span style="margin:0px;color:rgb(31, 78, 121)">Harrison Building</span></p>
<p style="font-size:11pt;font-family:Calibri, sans-serif;margin:0px"><span style="margin:0px;color:rgb(31, 78, 121)">University of Exeter</span></p>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> MITgcm-support <mitgcm-support-bounces@mitgcm.org> on behalf of Martin Losch <Martin.Losch@awi.de><br>
<b>Sent:</b> 27 January 2022 07:00<br>
<b>To:</b> mitgcm-support@mitgcm.org <mitgcm-support@mitgcm.org><br>
<b>Subject:</b> Re: [MITgcm-support] High-frequency time series output at a single domain point for computation of a power spectrum</font>
<div> </div>
</div>
<style type="text/css" style="display:none">
<!--
p
        {margin-top:0px;
        margin-bottom:0px}
p
        {margin-top:0px;
        margin-bottom:0px}
-->
</style>
<div dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="background-color:#FFEB9C; width:100%; border-style:solid; border-color:#9C6500; border-width:1pt; padding:2pt; font-size:10pt; line-height:12pt; font-family:'Calibri'; color:Black; text-align:left">
<span style="color:#9C6500; font-weight:bold">CAUTION:</span> This email originated from outside of the organisation. Do not click links or open attachments unless you recognise the sender and know the content is safe.</div>
<br>
<div>
<p><span style="color:rgb(33,33,33); font-family:"Segoe UI","Segoe WP","Segoe UI WPC",Tahoma,Arial,sans-serif; font-size:13.333333015441895px; background-color:rgb(255,255,255)">The mask array “regMask_lat24.bin” (it’s in input) has the same horizontal dimensions
 as the model domain, plus a 3rd dimension of the length nSetRegMskFile. In the examples this is just one and there is only 1 level (you can see that because in input the 2D bathyme<span style="font-size:10pt">​</span>try files have the same size as regMask_lat24.bin).
 In theory you could have multiple levels in case you want to do averages of overlapping regions.</span><br style="color:rgb(33,33,33); font-family:"Segoe UI","Segoe WP","Segoe UI WPC",Tahoma,Arial,sans-serif; font-size:13.333333015441895px">
<br style="color:rgb(33,33,33); font-family:"Segoe UI","Segoe WP","Segoe UI WPC",Tahoma,Arial,sans-serif; font-size:13.333333015441895px">
<span style="color:rgb(33,33,33); font-family:"Segoe UI","Segoe WP","Segoe UI WPC",Tahoma,Arial,sans-serif; font-size:13.333333015441895px; background-color:rgb(255,255,255)">Martin</span><br>
</p>
<div dir="ltr" style="color:rgb(33,33,33)">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> MITgcm-support <mitgcm-support-bounces@mitgcm.org> on behalf of Burns, Paul <P.Burns2@exeter.ac.uk><br>
<b>Sent:</b> Wednesday, January 26, 2022 11:07<br>
<b>To:</b> MITgcm-support@mitgcm.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [MITgcm-support] High-frequency time series output at a single domain point for computation of a power spectrum</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
Hi Martin,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
That's great.  It looks like the stats part of the Diagnostics package is worth a try.  It might be worth me looking at time series at different isolated domain points in the future.  </div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
I had a look at the <span style="color:rgb(32,31,30); font-size:14.6667px; background-color:rgb(255,255,255); display:inline!important">global_ocean.cs32x15<span style="color:rgb(0,0,0); font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:16px; background-color:rgb(255,255,255); display:inline!important"> example. 
 Do you know if the mask array should have the same dimensions as the model domain?</span></span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(32,31,30); font-size:14.6667px; background-color:rgb(255,255,255); display:inline!important"><span style="color:rgb(0,0,0); font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:16px; background-color:rgb(255,255,255); display:inline!important"><br>
</span></span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(32,31,30); font-size:14.6667px; background-color:rgb(255,255,255); display:inline!important"><span style="color:rgb(0,0,0); font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:16px; background-color:rgb(255,255,255); display:inline!important">Many
 thanks for your help,</span></span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(32,31,30); font-size:14.6667px; background-color:rgb(255,255,255); display:inline!important"><span style="color:rgb(0,0,0); font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:16px; background-color:rgb(255,255,255); display:inline!important">Paul</span></span></div>
<div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div id="x_Signature">
<div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
<div style="margin:0px; font-size:15px; color:rgb(32,31,30); text-align:start; background-color:rgb(255,255,255)">
<p style="font-size:11pt; font-family:Calibri,sans-serif; margin:0px"><span style="color:rgb(12,100,192)"><u>                                                                                      </u></span></p>
<p style="font-size:11pt; font-family:Calibri,sans-serif; margin:0px"><span style="margin:0px; color:rgb(31,78,121)">Dr Paul Burns MInstP FRMetS</span></p>
<p style="font-size:11pt; font-family:Calibri,sans-serif; margin:0px"><span style="margin:0px; color:rgb(31,78,121)">Research Fellow</span></p>
<p style="font-size:11pt; font-family:Calibri,sans-serif; margin:0px"><span style="margin:0px; color:rgb(31,78,121)">Geophysical and Astrophysical Fluid Dynamics Group</span></p>
<p style="font-size:11pt; font-family:Calibri,sans-serif; margin:0px"><span style="margin:0px; color:rgb(31,78,121)">Department of Mathematics</span></p>
<p style="font-size:11pt; font-family:Calibri,sans-serif; margin:0px"><span style="margin:0px; color:rgb(31,78,121)">Harrison Building</span></p>
<p style="font-size:11pt; font-family:Calibri,sans-serif; margin:0px"><span style="margin:0px; color:rgb(31,78,121)">University of Exeter</span></p>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="x_appendonsend"></div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> MITgcm-support <mitgcm-support-bounces@mitgcm.org> on behalf of Martin Losch <Martin.Losch@awi.de><br>
<b>Sent:</b> 25 January 2022 18:30<br>
<b>To:</b> MITgcm Support <mitgcm-support@mitgcm.org><br>
<b>Subject:</b> Re: [MITgcm-support] High-frequency time series output at a single domain point for computation of a power spectrum</font>
<div> </div>
</div>
<div class="x_BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="x_PlainText">CAUTION: This email originated from outside of the organisation. Do not click links or open attachments unless you recognise the sender and know the content is safe.<br>
<br>
<br>
Hi Paul,<br>
<br>
you can use the statistics part of the diagnostics package and specify a mask for your spefict grid point. The masking is used in verification/global_ocean.cs32x15/input.seaice/data.diagnostics (DIAG_STATIS_PARMS) , but I agree the diagnostics package is not
 always straightforward.<br>
<br>
If it’s just this one-time thing, I would probably just add a print statement at the right place (o:<br>
<br>
Martin<br>
<br>
> On 25. Jan 2022, at 13:17, Burns, Paul <P.Burns2@exeter.ac.uk> wrote:<br>
><br>
> Hi,<br>
><br>
> I am using MITgcm and subscribed to the mailing list.  I need to write out timeseries at high time frequency and at a single point in the domain, in order to compute a power spectrum.  I am currently using the Diagnostics package to write out state fields,
 but I am unclear how to modify my setup to write out timeseries data at a single point.<br>
><br>
> I would be grateful if someone could advise me about how to go about this?  The Diagnostics package is complex.<br>
><br>
><br>
> Many thanks,<br>
> Paul<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Dr Paul Burns MInstP FRMetS<br>
> Research Fellow<br>
> Geophysical and Astrophysical Fluid Dynamics Group<br>
> Department of Mathematics<br>
> Harrison Building<br>
> University of Exeter<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> MITgcm-support mailing list<br>
> MITgcm-support@mitgcm.org<br>
> <a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fmailman.mitgcm.org%2Fmailman%2Flistinfo%2Fmitgcm-support&data=04%7C01%7CP.Burns2%40exeter.ac.uk%7Cb45157bd9e88439653b208d9e162f18a%7C912a5d77fb984eeeaf321334d8f04a53%7C0%7C0%7C637788637597968271%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000&sdata=68j81eFjo41MzNL3VPM9SeB882hhAqA0uYCiLDhpbpQ%3D&reserved=0" originalsrc="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" shash="tRLsCwqjh832Wk2F8iVMgY9PaWCBqPCXMVO8+4zyfPjM9s5tT/eiGzeWt4zmBi9z27YhXBt0VpUdtw3zMD2VIP9iTOO/aLA141yEAbu3bstZCvhdhbymJceyudyDvdRP/UEc6Xb7k+5S2TM0P8UeJcxxntGDdKklvVZpekRxUCo=">
https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fmailman.mitgcm.org%2Fmailman%2Flistinfo%2Fmitgcm-support&amp;data=04%7C01%7CP.Burns2%40exeter.ac.uk%7Ce0d16f86b9f446d29cdf08d9e030d7ad%7C912a5d77fb984eeeaf321334d8f04a53%7C0%7C0%7C637787322844758474%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C2000&amp;sdata=UlMaeZBBwEBPNNxJXe31QVk9%2FrGERTToeMs5NsLDsGQ%3D&amp;reserved=0</a><br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>