<div dir="ltr">Hi Martin,<div>After reading the Makefile, I realized that "make clean" and "make CLEAN" are different things. "make CLEAN" did the trick!</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Yuxin</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jul 12, 2021 at 12:47 PM Martin Losch <<a href="mailto:Martin.Losch@awi.de">Martin.Losch@awi.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Try "make CLEAN" before “make depend”, to remove old links. After "make depend” this command:<br>
ls -l CPP_OPTIONS.h<br>
should give you <br>
….. CPP_OPTIONS.h —> ../code/CPP_OPTIONS.h<br>
<br>
M<br>
<br>
> On 12. Jul 2021, at 18:00, Yuxin Zhou <<a href="mailto:yzhou@ldeo.columbia.edu" target="_blank">yzhou@ldeo.columbia.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi Martin,<br>
> Thanks for the response. After I put the customized CPP_OPTIONS.h into "code", I do the following:<br>
> ../../../tools/genmake2 -mods ../code -omp -optfile ../../../tools/build_options/darwin_amd64_gfortran<br>
> make depend<br>
> make<br>
> cd ../run<br>
> run % ln -sf ../input/* .<br>
> run % ln -sf ../build/mitgcmuv .<br>
> ./mitgcmuv<br>
> <br>
> And then I get the error message.<br>
> <br>
> Best,<br>
> Yuxin<br>
> <br>
> On Mon, Jul 12, 2021 at 4:26 AM Martin Losch <<a href="mailto:Martin.Losch@awi.de" target="_blank">Martin.Losch@awi.de</a>> wrote:<br>
> Hi Yuxin,<br>
> <br>
> can you report your exact sequence of commands, after putting the customized CPP_OPTIONS.h file into “code”, to arrive at the error message? <br>
> It’s important that you rerun “genmake2” (or more conveniently run "make makefile”, which reruns genmake2 with the same options as the first time) ***after*** moving files around.<br>
> <br>
> Martin<br>
> <br>
> > On 12. Jul 2021, at 07:16, Yuxin Zhou <<a href="mailto:yzhou@ldeo.columbia.edu" target="_blank">yzhou@ldeo.columbia.edu</a>> wrote:<br>
> > <br>
> > Hi all,<br>
> > I'm trying to run "tutorial_global_oce_latlon" with a custom CPP_OPTIONS.h in ./code, so that I can enable the "NONLIN_FRSURF" flag. However, genmake2 seems to have ignored the new CPP_OPTIONS.h file, as I still get the following error:<br>
> > <br>
> > (TID 0001) CONFIG_CHECK: #undef NONLIN_FRSURF and<br>
> > (TID 0001) CONFIG_CHECK: nonlinFreeSurf is non-zero<br>
> > (TID 0001) CONFIG_CHECK: rStar is part of NonLin-FS<br>
> > (TID 0001) CONFIG_CHECK: ==> set #define NONLIN_FRSURF to use it<br>
> > (TID 0001) CONFIG_CHECK: detected  2 fatal error(s)<br>
> > (TID 0001) S/R ALL_PROC_DIE: ending the run<br>
> > STOP ABNORMAL END: S/R CONFIG_CHECK<br>
> > <br>
> > In fact, I tried writing gibberish in my CPP_OPTIONS.h file and genmake2 didn't complain as I thought it should. Any idea as to why this happens? Here is the full content of my CPP_OPTIONS.h:<br>
> > <br>
> > #ifndef CPP_OPTIONS_H<br>
> > #define CPP_OPTIONS_H<br>
> > <br>
> > C CPP flags controlling particular source code features<br>
> > <br>
> > C o Allow the use of Non-Linear Free-Surface formulation<br>
> > C   this implies that surface thickness (hFactors) vary with time<br>
> > #define NONLIN_FRSURF<br>
> > <br>
> > C o Execution environment support options<br>
> > #include "CPP_EEOPTIONS.h"<br>
> > <br>
> > #endif /* CPP_OPTIONS_H */<br>
> > <br>
> > Many thanks,<br>
> > Yuxin<br>
> > --<br>
> > Yuxin Zhou<br>
> > <a href="https://www.ldeo.columbia.edu/~yzhou/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.ldeo.columbia.edu/~yzhou/</a><br>
> > _______________________________________________<br>
> > MITgcm-support mailing list<br>
> > <a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" target="_blank">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br>
> > <a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> MITgcm-support mailing list<br>
> <a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" target="_blank">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br>
> <a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
> <br>
> <br>
> -- <br>
> Yuxin Zhou<br>
> <a href="https://www.ldeo.columbia.edu/~yzhou/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.ldeo.columbia.edu/~yzhou/</a><br>
> _______________________________________________<br>
> MITgcm-support mailing list<br>
> <a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" target="_blank">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br>
> <a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
MITgcm-support mailing list<br>
<a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" target="_blank">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br>
<a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">Yuxin Zhou<div><a href="https://www.ldeo.columbia.edu/~yzhou/" target="_blank">https://www.ldeo.columbia.edu/~yzhou/</a><br></div></div></div>