<div dir="ltr">Hi Bertrand,<div><br><div>If I'm correct, the default advection scheme in MITgcm is 2nd order centered one. Instead, try using the DST advection scheme with flux limiter (code 33). It prevents the occurrence of false extrema,  including artificial negative concentrations due to advection schemes used. At least, when I faced a similar problem with ptracer and sea ice, it helped.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Stanislav Martyanov</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">чт, 4 февр. 2021 г. в 02:49, Bertrand Delorme <<a href="mailto:bdelorme@stanford.edu">bdelorme@stanford.edu</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="FR">
<div class="gmail-m_5311034845274111054WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt">Hi everyone,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt">I am running an experiment to study mixing driven by internal wave breaking. I have incorporated a passive tracer into the experiment as a Gaussian patch in the area where the wave is breaking
 to study the evolution of its vertical variance and infer an effective eddy diffusivity from that. I have set arbitrarily the passive tracer concentration to be between 0 (outside of the Gaussian patch) and 1 (in the center of the Gaussian patch).
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt">Very rapidly in the simulation, I get negative values of the passive tracer concentration outside of the Gaussian patch where it is supposed to be zero. Is there a way to avoid that? I am using
 the default advection scheme right now.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt">Thank you,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt">Bertrand<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
MITgcm-support mailing list<br>
<a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" target="_blank">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br>
<a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
</blockquote></div>