
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">

<head>

<title></title>

</head>

<body>

<div name="messageBodySection">

<div dir="auto">Hi Stanislav and Jody,<br />

<br />

Thank you both for your reply and helpful suggestions. I’ll look into it for a good solution.<br />

<br />

All the best,<br />

<br />

Weiyang</div>

</div>

<div name="messageSignatureSection"><br />

<div class="matchFont"><b>Weiyang Bao</b>

<div dir="auto">Ph.D. Student, Physical Ocean Science and Engineering</div>

<div dir="auto">School of Marine Science and Policy</div>

<div dir="auto">University of Delaware</div>

<div dir="auto">wbao@udel.edu</div>

</div>

</div>

<div name="messageReplySection">On May 1, 2020, 6:58 PM -0400, mitgcm-support-request@mitgcm.org, wrote:<br />

<blockquote type="cite" style="border-left-color: grey; border-left-width: thin; border-left-style: solid; margin: 5px 5px;padding-left: 10px;">Send MITgcm-support mailing list submissions to<br />

mitgcm-support@mitgcm.org<br />

<br />

To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br />

http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support<br />

or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br />

mitgcm-support-request@mitgcm.org<br />

<br />

You can reach the person managing the list at<br />

mitgcm-support-owner@mitgcm.org<br />

<br />

When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br />

than "Re: Contents of MITgcm-support digest..."<br />

<br />

<br />

Today's Topics:<br />

<br />

1. Open boundary tidal amplitude (Weiyang Bao)<br />

2. Re: Open boundary tidal amplitude (Stanislav Martyanov)<br />

3. Re: Open boundary tidal amplitude (Jody Klymak)<br />

4. SSH problems with nonlinFreeSurf and Star (Stanislav Martyanov)<br />

<br />

<br />

----------------------------------------------------------------------<br />

<br />

Message: 1<br />

Date: Fri, 1 May 2020 12:42:09 -0400<br />

From: Weiyang Bao <wbao@udel.edu><br />

To: mitgcm-support@mitgcm.org<br />

Subject: [MITgcm-support] Open boundary tidal amplitude<br />

Message-ID: <38112c6c-8ac6-4e24-8d4c-60baf519701f@Spark><br />

Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br />

<br />

Hi MITgcm users,<br />

<br />

I have a question when trying to apply tidal forcing at the open boundary of my model domain, which is an idealized 3-D cuboid estuary. The prescribed tidal amplitude input for the OBCS package is velocity (unit of m/s), but I would like to specify the tidal signal using sea surface elevation (or sea level height) instead. Although this might be an old problem, I could find little discussion through previous posts. Could anyone please give me a hand? Thank you in advance!<br />

<br />

Best,<br />

<br />

Weiyang<br />

<br />

<br />

Weiyang Bao<br />

Ph.D. Student, Physical Ocean Science and Engineering<br />

School of Marine Science and Policy<br />

University of Delaware<br />

wbao@udel.edu<br />

-------------- next part --------------<br />

An HTML attachment was scrubbed...<br />

URL: <http://mailman.mitgcm.org/pipermail/mitgcm-support/attachments/20200501/621fce01/attachment-0001.html><br />

<br />

------------------------------<br />

<br />

Message: 2<br />

Date: Fri, 1 May 2020 22:36:21 +0300<br />

From: Stanislav Martyanov <martyanov.sd@gmail.com><br />

To: mitgcm-support@mitgcm.org<br />

Subject: Re: [MITgcm-support] Open boundary tidal amplitude<br />

Message-ID:<br />

<CANJ4tTN7BLAqTHG5c_27AkQQK3S0yWzmkFK0k9TTr1WNDrzwNA@mail.gmail.com><br />

Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br />

<br />

Hi Weiyang!<br />

<br />

According to our experience in solving the same problem with MITgcm, the<br />

only method implemented in the model is prescribing the tidal velocity at<br />

the open boundaries. We also tried setting the tidal level oscillations,<br />

but with no result.<br />

<br />

Also, you may find interesting the following thread:<br />

http://mailman.mitgcm.org/pipermail/mitgcm-support/2016-February/010259.html<br />

<br />

Push the 'Next message' every time to read the discussions. Also:<br />

http://mailman.mitgcm.org/pipermail/mitgcm-support/2016-February/010269.html<br />

<br />

<br />

Regards,<br />

Stanislav Martyanov<br />

<br />

??, 1 ??? 2020 ?. ? 20:21, Weiyang Bao <wbao@udel.edu>:<br />

<br />

<blockquote type="cite">Hi MITgcm users,<br />

<br />

I have a question when trying to apply tidal forcing at the open boundary<br />

of my model domain, which is an idealized 3-D cuboid estuary. The<br />

prescribed tidal amplitude input for the OBCS package is velocity (unit of<br />

m/s), but I would like to specify the tidal signal using sea surface<br />

elevation (or sea level height) instead. Although this might be an old<br />

problem, I could find little discussion through previous posts. Could<br />

anyone please give me a hand? Thank you in advance!<br />

<br />

Best,<br />

<br />

Weiyang<br />

<br />

<br />

*Weiyang Bao*<br />

Ph.D. Student, Physical Ocean Science and Engineering<br />

School of Marine Science and Policy<br />

University of Delaware<br />

wbao@udel.edu<br />

_______________________________________________<br />

MITgcm-support mailing list<br />

MITgcm-support@mitgcm.org<br />

http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support<br />

<br /></blockquote>

-------------- next part --------------<br />

An HTML attachment was scrubbed...<br />

URL: <http://mailman.mitgcm.org/pipermail/mitgcm-support/attachments/20200501/e0df3aec/attachment-0001.html><br />

<br />

------------------------------<br />

<br />

Message: 3<br />

Date: Fri, 1 May 2020 13:47:13 -0700<br />

From: Jody Klymak <jklymak@uvic.ca><br />

To: mitgcm-support@mitgcm.org<br />

Subject: Re: [MITgcm-support] Open boundary tidal amplitude<br />

Message-ID: <AECFA7AC-D26B-4FBA-9E61-7F1DDFE9E80D@uvic.ca><br />

Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br />

<br />

Hi Weiyang,<br />

<br />

Ken Hughes (OSU) implemented surface nudging, which is essentially what you want. I don?t know if he ever made it into a package, or if it is just a patch.<br />

<br />

Cheers, Jody<br />

<br />

<blockquote type="cite">On May 1, 2020, at 9:42 AM, Weiyang Bao <wbao@udel.edu> wrote:<br />

<br />

Hi MITgcm users,<br />

<br />

I have a question when trying to apply tidal forcing at the open boundary of my model domain, which is an idealized 3-D cuboid estuary. The prescribed tidal amplitude input for the OBCS package is velocity (unit of m/s), but I would like to specify the tidal signal using sea surface elevation (or sea level height) instead. Although this might be an old problem, I could find little discussion through previous posts. Could anyone please give me a hand? Thank you in advance!<br />

<br />

Best,<br />

<br />

Weiyang<br />

<br />

<br />

Weiyang Bao<br />

Ph.D. Student, Physical Ocean Science and Engineering<br />

School of Marine Science and Policy<br />

University of Delaware<br />

wbao@udel.edu<br />

_______________________________________________<br />

MITgcm-support mailing list<br />

MITgcm-support@mitgcm.org<br />

http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support<br /></blockquote>

<br />

-------------- next part --------------<br />

An HTML attachment was scrubbed...<br />

URL: <http://mailman.mitgcm.org/pipermail/mitgcm-support/attachments/20200501/2bc20b55/attachment-0001.html><br />

<br />

------------------------------<br />

<br />

Message: 4<br />

Date: Sat, 2 May 2020 01:57:44 +0300<br />

From: Stanislav Martyanov <martyanov.sd@gmail.com><br />

To: mitgcm-support@mitgcm.org<br />

Subject: [MITgcm-support] SSH problems with nonlinFreeSurf and Star<br />

Message-ID:<br />

<CANJ4tTN1w+gBGsFQe+u+_3Vt5S9DTn+r1avF9bLoBJt7utPwfw@mail.gmail.com><br />

Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br />

<br />

Hello everyone!<br />

<br />

Having tested my several MITgcm configurations (details here:<br />

http://mailman.mitgcm.org/pipermail/mitgcm-support/2020-April/012462.html)<br />

I encountered an issue with the model results. For unknown reasons the sea<br />

level has high oscillations and drops (up to minus 3-6 m) which can not be<br />

explained by the prescribed external forcing and OBCS (they are OK, SSH =<br />

plus/minus 1 m at the boundary). Also, delR=2 m in the upper layers, and<br />

minimum depth in the domain is 5 m. No tides, no sponge.<br />

<br />

At each time step the model used SURF_ADJUSTMENT...<br />

<br />

Below are some parameters from the data file used for the reference run (?<br />

0):<br />

&PARM01<br />

hFacMin = 0.2,<br />

hFacMinDr = 0.5,<br />

hFacInf = 0.2,<br />

hFacSup = 2.0,<br />

vectorInvariantMomentum = .TRUE.,<br />

highOrderVorticity = .TRUE.,<br />

rigidLid = .FALSE.,<br />

implicitFreeSurface = .TRUE.,<br />

nonlinFreeSurf = 4,<br />

select_rStar = 0,<br />

exactConserv = .TRUE.,<br />

useRealFreshWaterFlux = .TRUE.,<br />

staggerTimeStep = .TRUE.,<br />

multiDimAdvection = .TRUE.,<br />

implicitViscosity = .TRUE.,<br />

implicitDiffusion = .TRUE.,<br />

viscAhGrid = 0.0,<br />

viscAhGridMax = 0.5,<br />

viscC2leith = 1.0,<br />

viscC2leithD = 1.0,<br />

useFullLeith = .TRUE.,<br />

viscAr = 1.0e-4,<br />

no_slip_sides = .FALSE.,<br />

no_slip_bottom = .TRUE.,<br />

bottomDragQuadratic = 0.0025,<br />

tempAdvScheme = 33,<br />

saltAdvScheme = 33,<br />

diffKhT = 0.0,<br />

diffKhS= 0.0,<br />

diffKrT = 1.0e-4,<br />

diffKrS = 1.0e-4,<br />

useSingleCpuIO = .TRUE.,<br />

&<br />

forcing_In_AB = .FALSE.,<br />

momDissip_In_AB = .FALSE.,<br />

cAdjFreq = -1.0,<br />

usingCurvilinearGrid = .TRUE.,<br />

<br />

Having spotted such erroneous results in STDOUT statistics, I started<br />

tuning some model's functionality to figure out what happened. Some<br />

conclusions for the subsequent runs:<br />

1) I turn off the river runoff everywhere in OBCS. The problem remained.<br />

2) + I removed eta boundary conditions from data.obcs. The problem<br />

remained.<br />

3) + I set useOBCS = .FALSE. in data.pkg, thus closed all the open<br />

boundaries, suspecting them. But the problem remained.<br />

4) I returned to the initial settings (run ? 0, see above), but set:<br />

nonlinFreeSurf<br />

= 0 and linFSConserveTr = .TRUE., and the problem vanished, no<br />

SURF_ADJUSTMENT in the STDOUT any more!<br />

5) I returned to the initial settings (run ? 0, see above), but set:<br />

nonlinFreeSurf<br />

= 4 and select_rStar = 2, , and get the followng message from one of tiles:<br />

fail at i,j= 44 39 ; rStarFacC,H,eta = 0.199701 5.000000E+00<br />

-4.001496E+00<br />

WARNING: r*FacC < hFacInf at 1 pts : bi,bj,Thid,Iter= 1 1 1<br />

350<br />

STOP in CALC_R_STAR : too SMALL rStarFac[C,W,S] !<br />

<br />

Could you please help me to figure out:<br />

a) If I want to use non-linear free suface but do not want to use rStar,<br />

may I set select_rStar=0 and nonlinFreeSurf=4 simultaniously? In the<br />

verification 'internal_wave' I found nonlinFreeSurf=3 and select_rStar=0.<br />

So, for select_rStar=0 the parameter nonlinFreeSurf=0 is not a must?<br />

b) When selecting nonlinFreeSurf=4 and select_rStar=2 the model crushes<br />

complaining about too SMALL rStarFac[C,W,S]. My vertical resolution is too<br />

small (2 m) or I should change the hFacMin or hFacDr somehow?<br />

c) Where does the key DISABLE_RSTAR_CODE come from? It is used in many<br />

checks throughout the code, but I could not find where it is defined.<br />

Should I change it if I do not want to use rStar? Or using just<br />

select_rStar=0 is enough?<br />

d) Does the parameter hFacInf works only in the case of nonlinFreeSurf !=<br />

0, keeping the upper layer alive? What if I use nonlinFreeSurf= 0 and at<br />

some moment -eta > dr(1)? The upper layer thickness may become 0 when<br />

nonlinFreeSurf=0?<br />

<br />

Thanks!<br />

<br />

Regards,<br />

Stanislav Martyanov<br />

-------------- next part --------------<br />

An HTML attachment was scrubbed...<br />

URL: <http://mailman.mitgcm.org/pipermail/mitgcm-support/attachments/20200502/a7f087a6/attachment.html><br />

<br />

------------------------------<br />

<br />

Subject: Digest Footer<br />

<br />

_______________________________________________<br />

MITgcm-support mailing list<br />

MITgcm-support@mitgcm.org<br />

http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support<br />

<br />

<br />

------------------------------<br />

<br />

End of MITgcm-support Digest, Vol 203, Issue 1<br />

**********************************************<br /></blockquote>

</div>

</body>

</html>