
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p>Hi there,</p>

<p><br>

</p>

<p>I am currently running a simple oceanic internal wave simulation. I have implemented Smagorinsky for horizontal viscosity, pp81 for the vertical viscosity and diffusion. I have the horizontal diffusion set to 0. Part of my data file is attached in the end.</p>

<p>I would like to output dissipation/diffusion rates using the diagnostic package. I know I should have Um_Diss, Vm_Diss and Wm_Diss. This way my dissipation rate for the kinetic energy will be </p>

<p>Kt=U*(Um_Diss)+V*(Vm_Diss)+W*(Wm_Diss).</p>

<p><span style="font-size: 12pt;">pp81 can only be used if implicitViscosity and implicitDiffusion are on. Few questions here</span><br>

</p>

<p><span style="font-size: 12pt;">1) From reading some of the previous posts, I got the impression that if </span><span style="font-size: 12pt;">implicitViscosity is on, I need to add more terms to my expression of Kt. Why?</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;"><br>

</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;">2) If 1) is true, I will need 'VISrE_Um', 'VISrI_Um', </span><span style="font-size: 12pt;">'VISrE_Vm' and '</span><span style="font-size: 12pt;">'VISrI_Vm'</span><span style="font-size: 12pt;">', but their units are 'm^4/s^2'

 instead of 'm/s^2'. How do I understand this? and how can I add them to Kt?</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;"><br>

</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;">3) For the diffusion rate of the density equation, I will need both 'DFrE_TH' and 'DFrI_TH'? Their units are degC.m^3/s, but I am expecting degC/s. Does this need some scaling? or my understanding is not quite right?</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;"><br>

</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> viscAz=1.E-5,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> viscAh=0.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> no_slip_sides=.FALSE.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> no_slip_bottom=.FALSE.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> diffKhT=0.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> diffKzT=1.E-5,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">#new parameters for smag</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> viscC2Smag=2.0,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"># viscC4Smag=1.0,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> f0=6.5E-5,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> beta=0.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> eosType='LINEAR',</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> tAlpha=2.E-4,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> sBeta =0.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> rhonil=1028.0,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> rhoConst=1028.0,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> gravity=9.81,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> rigidLid=.TRUE.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> implicitFreeSurface=.FALSE.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"># exactConserv=.TRUE.</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> nonHydrostatic=.FALSE.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"># minimum cell fraction. This reduces steppiness from Jody</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> hFacMin=0.1,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"># implicSurfPress=0.5,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"># implicDiv2DFlow=0.5,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"># nonlinFreeSurf=3,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"># hFacInf=0.2,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"># hFacSup=1.8,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">#- not safe to use globalFiles in multi-processors runs</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> globalFiles=.TRUE.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> readBinaryPrec=64,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> writeBinaryPrec=64,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> writeStatePrec=64,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> saltStepping=.FALSE.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">#parameters for pp81</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> implicitDiffusion=.TRUE.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> implicitViscosity=.TRUE.,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">#change advection shceme</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> tempAdvScheme=33,</span></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> staggerTimeStep=.TRUE.,</span></p>

<p></p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-stretch: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 238, 149); background-color: rgb(21, 102, 47);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> &</span></p>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"><br>

</span></div>

<p><span style="font-size: 12pt;"><br>

</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;">Thanks</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;"><br>

</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;">Yangxin</span></p>

<p><br>

</p>

<p><br>

</p>

</div>

</body>

</html>