<div>Hi all,</div><div><br></div><div>I am using a series of geostrophic velocity data (derived from AVISO sea surface height)</div><div>to advect a passive tracer in an offline mode.  Following the paper by Abernathey and Marshall</div><div>(2013, JGR), first I made a nondivergent correction to the original geostrophic velocity data</div><div>through Helmholtz Decomposition.  Then I used the nondivergent velocity to advect a tracer.</div><div>However, after a few timesteps the tracer field is unstable and generates very large values and</div><div>eventually contaminated the results.</div><div><br></div><div>I think there are two things need to be verified.</div><div><br></div><div>First, the correction is done correctly.  Actually</div><div>I followed the guidance by Ryan Abernathey at:</div><div>    <a href="https://github.com/rabernat/mitgcm_2D_global/blob/master/notebooks/correction.ipynb">https://github.com/rabernat/mitgcm_2D_global/blob/master/notebooks/correction.ipynb</a></div><div>I run the offline model first using original geostrophic velocity to dump the diagnostics of streamfunction</div><div>(psi) and velocity potential (phi).  Then I use the xmitgcm utility to calculate the nondivergent velocity as:</div><div><div>    u_psi = -(numpy.roll(psi, -1, axis=-2) - psi) / dyG / drF</div><div>    v_psi =  (numpy.roll(psi, -1, axis=-1) - psi) / dxG / drF</div></div><div>This code above should be modified somewhat if one uses the latest xmitgcm released a few days ago.</div><div>I did not do any mask since I think the MITgcm model will mask the velocity when run in offline mode (</div><div>I provided a bathymetry data to the model generated based on AVISO SSH land-sea mask).</div><div><br></div><div>Second, the offline model parameters (delta-t related) are correctly set.  Although I've read some emails</div><div>on this issue, I'm still not so sure how to set these parameters.  The following are my choices:</div><div>    data:      deltaTtracer = 86400,</div><div>                  deltaTClock = 86400,</div><div>    data.off:  deltaToffline = 3600,      (smaller dt for accuracy)</div><div>                  offlineForcingPeriod = 86400,    (AVISO data is daily mean)</div><div>                  offlineForcingCycle = 0,     (no need to reuse the velocity)</div><div>When using the above params, the offline model asks for velocity data whose names are: u.0.data, u.24.data,</div><div>u.48.data...  So I rename the velocity data into this convention.</div><div><br></div><div>Now I am really confused why the tracer overflows after only 4-5 timesteps (days).  Is there anything wrong</div><div>with the above two procedures?</div><div><sign signid="0"><div style="color:#909090;font-family:Arial Narrow;font-size:12px"><br><br>------------------</div><div style="font-size:14px;font-family:Verdana;color:#000;"><div> <font size="2">Best regards <br> <br>Yu-Kun Qian (Ç®îÚÀ¤) <br>Center for Monsoon and Environment Research</font> </div> <font size="2">Department of Atmospheric Sciences<br>School of Environmental Science and Engineering<font size="2"> <br> </font>Sun Yat-sen University <br>No. 135 Xingang West Road, Haizhu District <br>Guangzhou, 510275, P.R. China <br>Tel; 020-84115227 <br>Email: <a href="mailto:qianyk@mail2.sysu.edu.cn">qianyk@mail3.sysu.edu.cn</a> </font> 
<div> <font size="2"> </font> </div></div></sign></div><div> </div><div><includetail><!--<![endif]--></includetail></div>