<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols;">
<p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Hi Malte,</p>
<p style="margin-top:0; margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Thanks for your email. I'm actually using MDJWF as my EOS, I assume that doesn't trigger the problem? Let me know if it's still a concern.</p>
<p style="margin-top:0; margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Cheers,</p>
<p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Kaitlin</p>
</div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> MITgcm-support <mitgcm-support-bounces@mitgcm.org> on behalf of Malte Jansen <mfj@uchicago.edu><br>
<b>Sent:</b> 15 October 2018 21:30:53<br>
<b>To:</b> mitgcm-support@mitgcm.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [MITgcm-support] rStar with cavities</font>
<div> </div>
</div>
<meta content="text/html; charset=utf-8">
<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">Hi Kaitlin,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I think that there is (or at least used to be) a potential problem with using rstar when you have thick sea ice - specifically when using rstar together with JMD95Z as the EOS. I don’t remember the details now,  but it has to do with spurious
 density gradients when rstar surfaces are tilted.  Setting selectP_inEOS_Zc=2 should fix the problem. I’ve had a long email conversation about this issue with Jean-Michel at some point. If you want, I can forward that to you.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Cheers,</div>
<div class="">Malte</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Oct 15, 2018, at 4:35 AM, Naughten, Kaitlin A. <<a href="mailto:kaight@bas.ac.uk" class="">kaight@bas.ac.uk</a>> wrote:</div>
<br class="x_Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" dir="ltr" class="" style="font-style: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols;">
<div class="" style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">Hi Martin,</div>
<div class="" style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">Thanks for your response. Good to know that rStar should work with cavities. I suppose the differences between rStar and no-rStar could be that the "surf adjustment" the nonlinear free surface scheme is
 doing in the absence of rStar, i.e. adding water to the model in regions which violate hFacInf, is changing the tracer properties and/or circulation. I have a few patches of very thick sea ice which are depressing the sea surface and causing those hFacInf
 errors. So maybe rStar is actually more accurate than nonlinear free surface without rStar. I am trying a run now with the linear free surface for comparison.</div>
<div class="" style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">Many thanks,</div>
<div class="" style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">Kaitlin</div>
</div>
<hr tabindex="-1" class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; display:inline-block; width:765.375px">
<span class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; float:none; display:inline!important"></span>
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none">
<font face="Calibri, sans-serif" class="" style="font-size:11pt"><b class="">From:</b><span class="x_Apple-converted-space"> </span>MITgcm-support <<a href="mailto:mitgcm-support-bounces@mitgcm.org" class="">mitgcm-support-bounces@mitgcm.org</a>> on behalf
 of Martin Losch <<a href="mailto:Martin.Losch@awi.de" class="">Martin.Losch@awi.de</a>><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="x_Apple-converted-space"> </span>12 October 2018 16:15:24<br class="">
<b class="">To:</b><span class="x_Apple-converted-space"> </span>MITgcm Support<br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="x_Apple-converted-space"> </span>Re: [MITgcm-support] rStar with cavities</font>
<div class=""> </div>
</div>
<div class="x_BodyFragment" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none">
<font size="2" class=""><span class="" style="font-size:11pt">
<div class="x_PlainText">Hi Kaitlin,<br class="">
<br class="">
I think they should work together.<span class="x_Apple-converted-space"> </span><br class="">
I have once (in the very beginning of this in 2006 or so) tried to use the rStar coordinates as surface (topography) following coordinates for better near surface resolution in the cavities, but because we don’t have a decent formulation for the pressure gradient
 for the case of strongly sloping vertical layer interfaces, this leads to too much pressure gradient error.<br class="">
<br class="">
Martin<br class="">
<br class="">
<br class="">
> On 10. Oct 2018, at 12:54, Naughten, Kaitlin A. <<a href="mailto:kaight@bas.ac.uk" class="">kaight@bas.ac.uk</a>> wrote:<br class="">
><span class="x_Apple-converted-space"> </span><br class="">
> Hi everyone,<br class="">
><span class="x_Apple-converted-space"> </span><br class="">
> Is it okay to use rStar with the SHELFICE package? Looking at some old messages I can't figure out whether or not there is a problem with this. I ran with and without rStar and can see some non-negligible differences in the cavity, which is a bit concerning.
 Is it confirmed whether or not they work together?<br class="">
><span class="x_Apple-converted-space"> </span><br class="">
> Many thanks,<br class="">
> Kaitlin<br class="">
> This message (and any attachments) is for the recipient only. NERC is subject to the Freedom of Information Act 2000 and the contents of this email and any reply you make may be disclosed by NERC unless it is exempt from release under the Act. Any material
 supplied to NERC may be stored in an electronic records management system.<br class="">
> _______________________________________________<br class="">
> MITgcm-support mailing list<br class="">
><span class="x_Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" class="">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br class="">
><span class="x_Apple-converted-space"> </span><a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" class="">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br class="">
<br class="">
_______________________________________________<br class="">
MITgcm-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" class="">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br class="">
<a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" class="">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br class="">
</div>
</span></font></div>
<hr class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none">
<small class="" style="font-family:Helvetica; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none">This message (and any attachments)
 is for the recipient only. NERC is subject to the Freedom of Information Act 2000 and the contents of this email and any reply you make may be disclosed by NERC unless it is exempt from release under the Act. Any material supplied to NERC may be stored in
 an electronic records management system</small><span class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; float:none; display:inline!important">.</span>
<hr class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none">
<span class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; float:none; display:inline!important">_______________________________________________</span><br class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none">
<span class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; float:none; display:inline!important">MITgcm-support
 mailing list</span><br class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none">
<a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none">
<a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
<hr>
<small>This message (and any attachments) is for the recipient only. NERC is subject to the Freedom of Information Act 2000 and the contents of this email and any reply you make may be disclosed by NERC unless it is exempt from release under the Act. Any material
 supplied to NERC may be stored in an electronic records management system</small>.
<hr>
</body>
</html>