<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Martin,<div><br></div><div>    I got the following error messages "Transport endpoint is not connected" in the beginning of execution.  I searched this error online, but ended up nothing.  Could you indicate what this error about?  </div><div><br></div><div><div>/bin/bash: /cvmfs/<a href="http://soft.computecanada.ca/nix/var/nix/profiles/16.09/lmod/lmod/init/bash">soft.computecanada.ca/nix/var/nix/profiles/16.09/lmod/lmod/init/bash</a>: Transport endpoint is not connected</div><div>slurmstepd: error: execve(): /project/6001267/MITgcm/MITgcm_c66k/verification/rotating_tank2/runM/./mitgcmuv: Transport endpoint is not connected</div><div>......................................................................................................................................</div><br class="gmail-Apple-interchange-newline"></div><div>    My topic is about atmospheric convection so that I don't need any sea ice or ocean packages.  I have successfully run the rotating_tank example in spherical coordinates.  To extend to the polar region, I need to apply the curvilinear coordinates.  At first, I thought if only I prepare the horizGridFile file, I should be able to run this model in the curvilinear coordinates.  If to reproduce the example in MITgcm_contrib is the best way to learn the curvilinear coordinates, could you recommend an atmospheric case?  I don't want finally I have to remove many sea ice and ocean packages.</div><div><br></div><div><div>    Thanks much,</div><div><br></div><div>                    Yi-Chih</div><div><br></div><div>######################################################################################<br>Hi Yi-Chih,<br><br>now I am not quite sure what you are trying to do. Once you have specified<br>the curvilinear grid in one way (grid files) or the other (OLD_GRID_IO<br>method), you do not have to specify delX/delY in data. In fact, it does not<br>make sense to specify spherical coordinate deltaX/Y for a curvilinear grid,<br>does it? The best that can happen, is that these parameters are ignored,<br>and I think that is what you are seeing. Have look here:<br><br><a href="http://wwwcvs.mitgcm.org/viewvc/MITgcm/MITgcm_contrib/arctic/" rel="noreferrer" target="_blank">http://wwwcvs.mitgcm.org/viewvc/MITgcm/MITgcm_contrib/arctic/</a><br><br>for examples of a curvilinear grid across the Arctic using the OLD_GRID_IO<br>method. The grid files contain longitude and latitude and there?s no<br>ambiguity about the grid.<br><br>Another option is to rotate a spherical grid so that the converging<br>longitudes are moved out of your region of interest. This has been done<br>before and there are parameters for this (from PARAMS.h:<br>C     rotateGrid      :: rotate grid coordinates to geographical coordinates<br>C                        according to Euler angles phiEuler, thetaEuler,<br>psiEuler<br>)<br><br>Only on a spherical grid (or cartesian grid), the parameters ygOrigin,<br>delx/dely have a meaning. f0 can only be used with a cartesian grid. It<br>does not make too much sense to have an f- or beta-plane in a non-cartesian<br>grid (as far a I know).<br><br>Martin  <br></div></div></div></div></div></div>