<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Martin,<div><br></div><div>    Thanks much for the helpful response.  I got the useMDSIO from <a href="http://mailman.mitgcm.org/pipermail/mitgcm-devel/2004-May/000608.html">http://mailman.mitgcm.org/pipermail/mitgcm-devel/2004-May/000608.html</a>.  Where can I have the complete namelist of data.pkg and packages.conf?</div><div><br></div><div>    Finally, I got the U, V, W, T, S, and Eta files when setting useMNC=.FALSE.  When giving set outputTypesInclusive=.TRUE., I got the following error message.  I wonder how to fix it?</div><div>forrtl: severe (19): invalid reference to variable in NAMELIST input, unit 11, file scratch1.000000018,<br></div><div><br></div><div>    I did include diagnostics in packages.conf.  Normally what output files should I have after including diagnostics in packages.conf?  What do you mean by "using the diagnostics package"?</div><div><br></div><div>    Many thanks,</div><div><br></div><div>                 Yi-Chih</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sat, Sep 29, 2018 at 12:45 AM <<a href="mailto:mitgcm-support-request@mitgcm.org">mitgcm-support-request@mitgcm.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Date: Fri, 28 Sep 2018 16:43:06 +0200<br>
From: Martin Losch <<a href="mailto:Martin.Losch@awi.de" target="_blank">Martin.Losch@awi.de</a>><br><br>
Hi Yi-Chih,<br>
<br>
I never used this "useMDSIO=.TRUE.,?, and I assume that this is never described because this parameter is not part of the namelist. So I don?t know where you got this from.<br>
<br>
You?ll get the MDS output when you set useMNC=.FALSE., otherwise your state variables will be in netcdf-files with the names: state.*.nc<br>
<br>
BTW, I recommend using the diagnostics package instead of theses ?standard? output fields.<br>
<br>
In any case if you need to have both mds and netcdf output you need to set outputTypesInclusive=.TRUE., in data.<br>
<br>
Martin<br>
<br>
> On 28. Sep 2018, at 00:28, Yi-Chih Huang <<a href="mailto:dscpln@gmail.com" target="_blank">dscpln@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear MITgcm-support experts,<br>
> <br>
>     I conduct idealized simulations on the curvilinear coordinates and do not need any tile.  At first, I did not include mdsio in packages.conf and did not add " useMDSIO=.TRUE.," in data.pkg.  Although I got "NORMAL END" in the log file without any error message, the output files were only PHref?.???? and pickup.* files but without U, V, W, T, S, and Eta files as in the manual.  After I added " useMDSIO=.TRUE.," in data.pkg, I got the error message " invalid reference to variable in NAMELIST input" input, unit 11, file scratch1.000000009, line 3, position 9".  I got the U, V, W, T, S, and Eta output files on spherical coordinates without mdsio in the list in packages.conf.  I have pasted the related files as the follows.  Could anyone suggest outputing U, V, W, T, S, and Eta files on the curvilinear coordinates?<br>
> <br>
>     Thanks much,<br>
> <br>
>                    Yi-Chih   <br>
> <br>
> #######################   in the manual   ##################################################<br>
> 3.5.1.1 MDSIO output files<br>
> The ?traditional? output files are generated by the mdsio package. At a minimum, the instantaneous<br>
> ?state? of the model is written out, which is made of the following files:<br>
> ? U.00000nIter - zonal component of velocity field (m/s and positive eastward).<br>
> ? V.00000nIter - meridional component of velocity field (m/s and positive northward).<br>
> ? W.00000nIter - vertical component of velocity field (ocean: m/s and positive upward, atmosphere:<br>
> Pa/s and positive towards increasing pressure i.e. downward).<br>
> ? T.00000nIter - potential temperature (ocean: C, atmosphere: K).<br>
> ? S.00000nIter - ocean: salinity (psu), atmosphere: water vapor (g/kg).<br>
> ? Eta.00000nIter - ocean: surface elevation (m), atmosphere: surface pressure anomaly (Pa).<br>
> <br>
> ########################    packages.conf    ###############################################<br>
> #  $Header: /u/gcmpack/MITgcm/verification/rotating_tank/code/packages.conf,v 1.3 2006/09/03 23:29:19 jmc Exp $<br>
> #  $Name: checkpoint66k $<br>
> <br>
> gfd<br>
> diagnostics<br>
> mdsio<br>
> mnc<br>
> <br>
> ########################    data.pkg    ####################################################<br>
> # Packages<br>
>  &PACKAGES<br>
>  useMNC=.TRUE.,<br>
>  useMDSIO=.TRUE.,<br>
>  &<br>
> <br>
> ########################    data file    #####################################################<br>
> # ====================<br>
> # | Model parameters |<br>
> # ====================<br>
> #<br>
> # Continuous equation parameters<br>
>  &PARM01<br>
>  rhoRefFile='rhoLin.bin',<br>
>  tRef=50*20.0,<br>
>  sRef=50*0.0,<br>
> # amplCF=0.0,<br>
> # amplHeat=2.0,<br>
>  viscAh=1.0E6,<br>
>  viscAr=1.0E6,<br>
> #viscA4=1.0E-12,<br>
> #viscA4W=1.0E-12,<br>
> #diffK4T=1.0E-11,<br>
>  no_slip_sides=.FALSE.,<br>
>  no_slip_bottom=.FALSE.,<br>
>  diffKhT=5.0E-6,<br>
>  diffKrT=5.0E-6,<br>
>  diffKhS=1.0E-7,<br>
>  diffKrS=1.0E-7,<br>
>  f0=2.531787E-5,<br>
> #omega=2,<br>
>  rotationPeriod=38520.0,<br>
> #beta=0.E-11,<br>
>  eosType='LINEAR',<br>
>  tAlpha=2.E-4,<br>
>  sBeta =0.,<br>
>  gravity=9.81,<br>
>  rhoConst=1.0E+3,<br>
> #rhoNil=1.0E+3,<br>
> #heatCapacity_Cp=3900.0,<br>
>  implicitFreeSurface=.TRUE.,<br>
>  implicitDiffusion=.TRUE.,<br>
>  implicitViscosity=.TRUE.,<br>
>  tempAdvScheme=77,<br>
>  staggerTimeStep=.TRUE.,<br>
>  saltStepping=.FALSE.,<br>
> #rigidLid=.TRUE.,<br>
> #implicitFreeSurface=.FALSE.,<br>
>  nonHydrostatic=.TRUE.,<br>
>  useNHMTerms=.TRUE.,<br>
>  readBinaryPrec=32,<br>
> #useSingleCpuIO=.TRUE.,<br>
>  &<br>
> <br>
> # Elliptic solver parameters<br>
>  &PARM02<br>
>  cg2dMaxIters=1000,<br>
>  cg2dTargetResidual=1.E-13,<br>
>  cg3dMaxIters=40,<br>
>  cg3dTargetResidual=1.E-13,<br>
>  &<br>
> <br>
> # Time stepping parameters<br>
>  &PARM03<br>
>  nIter0=0,<br>
>  nTimeSteps=5000,<br>
> #nTimeSteps=36000000,<br>
>  deltaT=150,<br>
>  abEps=0.1,<br>
>  pChkptFreq=300000.0,<br>
>  chkptFreq=150000.0,<br>
>  dumpFreq=75000.0,<br>
>  monitorSelect=3000,<br>
>  monitorFreq=3000,<br>
>  &<br>
> <br>
> # Gridding parameters<br>
>  &PARM04<br>
>  usingCurvilinearGrid=.TRUE.,<br>
>  deepAtmosphere=.TRUE.,<br>
>  rSphere=60000.E3,<br>
>  delR=50*200.E3,<br>
>  delX=320*0.25,<br>
>  delY=320*0.25,<br>
> # horizGridFile=?grid_360?,<br>
>  ygOrigin=10.,<br>
>  &<br>
> <br>
> # Input datasets<br>
>  &PARM05<br>
> #surfQfile='SQCartHD.bin',<br>
> # geothermalFile='Geotherm.bin',<br>
>  bathyFile='BEDsphere.bin',<br>
>  hydrogThetaFile='Tinitsphere.bin',<br>
>  &<br>
> <br>
> #######################################################################################<br>
> forrtl: severe (19): invalid reference to variable in NAMELIST input, unit 11, file /project/6001267/MITgcm/MITgcm_c66k/verification/rotating_tank2/run_n_320_253/scratch1.000000009, line 3, position 9 <br>
</blockquote></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>