<div dir="ltr"><div>Hi 
Srinivas,</div><div><br></div><div>I think I had a similar problem a few weeks ago. I notice you are correctly using the "
linux_amd64_ifort+impi" build option which should compile using the mpiifort and mpiicc compilers, but then use mpirun from OpenMPI.</div><div><br></div><div>What worked for me was using the mpirun provided by the intel compiler (impi) which you presumably have loaded for compilation. If you <span style="font-family:monospace,monospace">"module unload openmpi"</span> do you still have an mpirun in your PATH? You can run <span style="font-family:monospace,monospace">"which mpirun"</span> to check<br></div><div> where it is located, hopefully from the Intel compiler.</div><div><br></div><div>I should also mention that Intel's mpirun and mpiexec are slightly different so if mpirun still does not work, maybe try mpiexec.</div><div><br></div><div>Let us know if this helps or not!<br></div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Ali<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Sep 6, 2018 at 6:23 AM Srinivasu U <<a href="mailto:srinivasu.u@incois.gov.in">srinivasu.u@incois.gov.in</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear MITgcm support,<br>
<br>
I am trying to run a tutorial example of tutorial_barotropic_gyre<br>
<br>
I built it as follows<br>
<br>
cd verification/tutorial_barotropic_gyre/build<br>
module unload netcdf/4.2.1<br>
module load netcdf/3.6.3_new<br>
module load openmpi/1.8.4<br>
export NETCDF_ROOT=”/gpfs1/home/Libs/INTEL/NETCDF-3.6.3_new”<br>
export MPI_INC_DIR="/gpfs1/home/Libs/INTEL/OPENMPI/openmpi-1.8.4/include”<br>
../../../tools/genmake2 -enable=mnc -mods ../code -optfile ../../../tools/build_options/linux_amd64_ifort+impi -mpi<br>
make depend<br>
make<br>
<br>
cd ../run<br>
ln -s ../input/* .<br>
cp ../build/mitgcmuv .<br>
<br>
But while running the model as follows<br>
mpirun -np 4 ./mitgcmuv<br>
I get the following error<br>
<br>
Fatal error in PMPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:<br>
PMPI_Comm_rank(121): MPI_Comm_rank(comm=0x0, rank=0xeea1a4) failed<br>
PMPI_Comm_rank(73).: Invalid communicator<br>
<br>
Thanks in Advance.<br>
<br>
Srinivasu U<br>
Scientist-C, CSG,<br>
Indian National Center for Ocean Information Services(INCOIS),<br>
Hyderabad-500090.<br>
Telephone:04023886146<br>
Mobile:9032325438.<br>
_______________________________________________<br>
MITgcm-support mailing list<br>
<a href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org" target="_blank">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br>
<a href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
</blockquote></div>