<div>Hi Martin,</div><div><br></div><div>Thanks for your help.  I've compiled and run these codes successfully.  However, I get all zeros after the run.</div><div><br></div><div>1) You have suggested to modify the Lagrangian sampling code as (see previous email below):</div><div>CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,ss, pTracer(1-Olx,1-Oly,1,<b>1</b>,<b>1</b>, iTracer),  kp,0,bi,bj,myThid)</div><div>I just wonder why this line is not like:</div><div>CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,ss, pTracer(1-Olx,1-Oly,1,<b>bi</b>,<b>bj</b>, iTracer),  kp,0,bi,bj,myThid)</div><div>The index of 1 rather than bi/bj seems to works fine for sampling the tracer field.</div><div><br></div><div>2) the predefined subroutines GAD_GRAD_X/Y in GAD package return tracer gradient much</div><div>larger than expected.  I looked into the code and found that these subroutines calculate the</div><div>product of gradient and face area of grid cell.  So I may need to divide the face area to get</div><div>the right values of gradient.  Is this correct?  If so, I cannot just modify the subroutines because</div><div>they may be called in other places.</div><div><br></div><div>3) Subroutines GAD_GRAD_X/Y return non-zero values at the end of ptracer_integrate.F (this is</div><div>verified by outputting pTrGrdx/y after calling GAD_GRAD_X/Y subroutines), however,</div><div>in flt_traj.F, pTrGrdx/y becomes all zeros (this is verified by outputting pTrGrdx/y before calling</div><div>FLT_BILINEAR).  Therefore, Lagrangian sampling gives all zero results.  Does this related to any</div><div>execution sequence? Or any other possible reasons I cannot tell.</div><div><br></div><div>Many thanks.</div><div><sign signid="0"><div style="color:#909090;font-family:Arial Narrow;font-size:12px"><br>------------------</div><div style="font-size:14px;font-family:Verdana;color:#000;"><div> <font size="2">Best regards <br> <br>Yu-Kun Qian (钱钰坤) <br>Center for Monsoon and Environment Research</font> </div> <font size="2">Department of Atmospheric Sciences<br>School of Environmental Science and Engineering<font size="2"> <br> </font>Sun Yat-sen University <br>No. 135 Xingang West Road, Haizhu District <br>Guangzhou, 510275, P.R. China <br>Tel; 020-84115227 <br>Email: <a href="mailto:qianyk@mail2.sysu.edu.cn">qianyk@mail3.sysu.edu.cn</a> </font> 
<div> <font size="2"> </font> </div></div></sign></div><div> </div><div><includetail><div> </div><div> </div><div style="font:Verdana normal 14px;color:#000;"><div style="FONT-SIZE: 12px;FONT-FAMILY: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------ 原始邮件 ------------------</div><div style="FONT-SIZE: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div id="menu_sender"><b>发件人:</b> "Martin Losch"<Martin.Losch@awi.de>;</div><div><b>发送时间:</b> 2018年6月14日(星期四) 晚上7:38</div><div><b>收件人:</b> "MITgcm Support"<mitgcm-support@mitgcm.org>; <wbr></div><div></div><div><b>主题:</b> Re: [MITgcm-support] Sample pTracer using flt package</div></div><div> </div><div style="position:relative;">Looks good to me.<br><br>M.<br><br>> On 14. Jun 2018, at 05:23, 钱钰坤 <qianyk@mail3.sysu.edu.cn> wrote:<br>> <br>> Hi all,<br>> <br>> Still along this line, I want to sample pTracer along Lagrangian trajectory using flt<br>> package.  Now I'm able to sample pTracer itself and I want to sample its gradient<br>> too.<br>> <br>> I add two arrays to store the gradient (vector) of pTracer in PTRACER_FIELDS.h:<br>> _RL  pTrGrdx (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr,nSx,nSy)<br>> _RL  pTrGrdy (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr,nSx,nSy)<br>> <br>> Then I add the following lines at the end of ptracer_integrate.F to calculate the<br>> gradient of the ninth tracer, which makes use of the predefined subroutines of<br>> GAD_GRAD_X and GAD_GRAD_Y in GAD package:<br>>      IF (iTracer .EQ. 9) THEN<br>>        CALL GAD_GRAD_X(<br>>   I            bi,bj,k,xA,pTracer(1-Olx,1-Oly,1,bi,bj,9),<br>>   O            pTrGrdx(1-Olx,1-Oly,1,bi,bj),<br>>   I            myThid)<br>>        CALL GAD_GRAD_Y(<br>>   I            bi,bj,k,yA,pTracer(1-Olx,1-Oly,1,bi,bj,9),<br>>  O            pTrGrdy(1-Olx,1-Oly,1,bi,bj),<br>>   I            myThid)<br>>      ENDIF<br>> <br>> Finally, I modify the Lagrangian sampling code in flt_traj.F as:<br>>        CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,uu,pTrGrdx(1-Olx,1-Oly,1,1,1),<br>>   I               kp,1,bi,bj,myThid)<br>>        CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,vv,pTrGrdy(1-Olx,1-Oly,1,1,1),<br>>   I               kp,2,bi,bj,myThid)<br>> so that the gradients are stored in the u/v samples of particles.<br>> <br>> I just want to make sure that this is OK.  I am aware of that gradX is defined<br>> at u-point and gradY is defined at v-point.  So I guess this should be the best<br>> way to get online sampled tracer gradient.<br>> <br>> <br>> ------------------<br>> Best regards <br>> <br>> Yu-Kun Qian (钱钰坤) <br>> Center for Monsoon and Environment Research<br>> Department of Atmospheric Sciences<br>> School of Environmental Science and Engineering <br>> Sun Yat-sen University <br>> No. 135 Xingang West Road, Haizhu District <br>> Guangzhou, 510275, P.R. China <br>> Tel; 020-84115227 <br>> Email: qianyk@mail3.sysu.edu.cn<br>>  <br>>  <br>>  <br>>  <br>> ------------------ 原始邮件 ------------------<br>> 发件人: "qianyk"<qianyk@mail3.sysu.edu.cn>;<br>> 发送时间: 2018年6月2日(星期六) 晚上7:12<br>> 收件人: "mitgcm-support"<mitgcm-support@mitgcm.org>;<br>> 主题: 回复： [MITgcm-support] Sample pTracer using flt package<br>>  <br>> Hi Martin,<br>> <br>> Thanks very much for your suggestions.  I can sample the value of ptracer online now.<br>> <br>> However, there are considerable differences between online-sampled and offline-sampled<br>> values.  I've doubted about the results of my offline-sampling program and that is why I<br>> insist to get the online results to verify that.  Since I have to also sample the gradient of<br>> the tracer, there are more questions follow this line.<br>> <br>> For a quick solution, I hope to compute the tracer gradient online and then sample the<br>> gradient field exactly the same way as I sample the tracer field (just passing the pointer<br>> of the gradient to the subroutine FLT_BILINEAR).  However, I've no idea how and where<br>> to do this.  I've found many diagnostics in available_diagnostics.log related to the tracer<br>> itself (UTRAC01, ADVrTr01, ...) which could be modified slightly to be the tracer gradient.<br>> I just wonder if this is the best way to do get Lagrangian sampling of tracer gradient.<br>> <br>> From a fundamental way, I just want to figure out the differences in the programs.  The<br>> tracer field is output as MDSIO format.  As MITgcm uses C-grid, should the position of the<br>> lower-left-corner value of the tracer be exactly zero, or be DXC (DYC), or be DXC/2 (DYC/2)?<br>> I think this tiny differences in position will cause considerable sampled tracer value if the<br>> gradient is large.<br>> <br>> I also set north and east wall boundaries so the domain is closed (the eastmost Nx and<br>> northmost Ny grid points are all set to the undefined value of 0).  Could the Lagrangian<br>> particle get into the cell of these grid points or they just stay within [1 Nx-1]*[1 Ny-1]<br>> grid points?  More specifically, what are the upper and lower bounds of position for a<br>> Lagrangian particle?<br>> <br>> Thanks again.<br>> <br>> <br>> <br>> ------------------<br>> Best regards <br>> <br>> Yu-Kun Qian (钱钰坤) <br>> Center for Monsoon and Environment Research<br>> Department of Atmospheric Sciences<br>> School of Environmental Science and Engineering <br>> Sun Yat-sen University <br>> No. 135 Xingang West Road, Haizhu District <br>> Guangzhou, 510275, P.R. China <br>> Tel; 020-84115227 <br>> Email: qianyk@mail3.sysu.edu.cn<br>>  <br>>  <br>>  <br>>  <br>> ------------------ 原始邮件 ------------------<br>> 发件人: "Martin Losch"<Martin.Losch@awi.de>;<br>> 发送时间: 2018年6月1日(星期五) 晚上7:25<br>> 收件人: "MITgcm Support"<mitgcm-support@mitgcm.org>;<br>> 主题: Re: [MITgcm-support] Sample pTracer using flt package<br>>  <br>> Hi Qian,<br>> <br>> I think you can do it that way.<br>> You need to include the ptracer variables at the beginning of the routine like this:<br>> #ifdef ALLOW_PTRACERS<br>> #include "PTRACERS_SIZE.h"<br>> #include “PTRACERS_FIELDS.h"<br>> #endif<br>> <br>> and it’s always a good idea to bracket pkg-specific code by CPP-flags:<br>> #ifdef ALLOW_PTRACERS<br>>       … your code ...<br>> #endif<br>> <br>> I think you need to say<br>> CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,ss, pTracer(1-Olx,1-Oly,1,1,1, iTracer),  kp,0,bi,bj,myThid)<br>> to pass the approriate pointer to FLT_BILINEAR<br>> <br>> Martin<br>> > On 1. Jun 2018, at 12:19, 钱钰坤 <qianyk@mail3.sysu.edu.cn> wrote:<br>> > <br>> > Hi all,<br>> > <br>> > I've inserted an passive tracer (using ptracer package) and deployed<br>> > Lagrangian particles (using flt package) simultaneously into a dynamic flow.<br>> > I wanted to sample the tracer value along each Lagrangian float but I only<br>> > found the following five lines of code in flt_traj.F:<br>> > <br>> > CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,uu,uVel,  kp,1,bi,bj,myThid)<br>> > CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,vv,vVel,  kp,2,bi,bj,myThid)<br>> > CALL FLT_BILINEAR2D(ix,jy,pp,etaN,     0,bi,bj,myThid)<br>> > CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,tt,theta, kp,0,bi,bj,myThid)<br>> > CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,ss,salt,  kp,0,bi,bj,myThid)<br>> > <br>> > which means the flt can only sample the basic flow states (u, v, eta, theta, and salt).<br>> > <br>> > I wonder if there is an easy way to achieve this by modifying the code slightly as:<br>> > <br>> > CALL FLT_BILINEAR  (ix,jy,ss, pTracer(, , , , , iTracer),  kp,0,bi,bj,myThid)<br>> > <br>> > and using the result to replace the salt which I do not care about?<br>> > <br>> > If yes, how to modify the #include or variable declarations at the beginning of flt_traj.F?<br>> > <br>> > Many thanks.<br>> > <br>> > <br>> > ------------------<br>> > Best regards <br>> > <br>> > Yu-Kun Qian (钱钰坤) <br>> > Center for Monsoon and Environment Research<br>> > Department of Atmospheric Sciences<br>> > School of Environmental Science and Engineering <br>> > Sun Yat-sen University <br>> > No. 135 Xingang West Road, Haizhu District <br>> > Guangzhou, 510275, P.R. China <br>> > Tel; 020-84115227 <br>> > Email: qianyk@mail3.sysu.edu.cn<br>> >  <br>> >  <br>> > _______________________________________________<br>> > MITgcm-support mailing list<br>> > MITgcm-support@mitgcm.org<br>> > http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support<br>> <br>> _______________________________________________<br>> MITgcm-support mailing list<br>> MITgcm-support@mitgcm.org<br>> http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support<br>> _______________________________________________<br>> MITgcm-support mailing list<br>> MITgcm-support@mitgcm.org<br>> http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support<br><br>_______________________________________________<br>MITgcm-support mailing list<br>MITgcm-support@mitgcm.org<br>http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support<br></div></div><!--<![endif]--></includetail></div>