<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Dimitris,</p>
    <p>I've done many runs with obcs cut-out from a global setup, but
      never had this issue before. So I don't think other setups would
      help me much, but they might be of use to others.</p>
    <p>My code directory is pretty simple, there's hardly anything
      changed in there and the same code directory (apart from changes
      in the size of the vertical grid) have been used successfully
      before.</p>
    <p>How do I compile and link with array-bound checks turned on? I
      haven't tried that before...</p>
    <p>cheers,</p>
    <p>Andreas<br>
    </p>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 18/05/18 23:04, Dimitris Menemenlis
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:7779f301-dd83-4b0e-7988-5b916e51ed44@jpl.nasa.gov">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      Andreas, I have done something similar quite a few times (i.e.,
      increase <br>
      horizontal and/or vertical resolution in regional domains with
      obcs <br>
      cut-out from a global set-up) and did not have same issue. If
      helpful I <br>
      can dig out and commit to contrib some examples that you can
      compare <br>
      your set-up against. Actually, you remind me that I already
      promised to <br>
      do this for Gael but that it fell off the bottom of my todo list
      :-(<br>
      <br>
      Do you have any custom routines in your "code" directory? Have you
      <br>
      tried compiling and linking with array-bound checks turned on?<br>
      <br>
      Dimitris Menemenlis<br>
      On 05/17/2018 11:45 PM, Andreas Klocker wrote:<br>
      > Matt,<br>
      > <br>
      > I cut all the unnecessary packages and still have the same
      issue.<br>
      > <br>
      > I also checked 'size mitgcmuv' and compared the size to other
      runs which <br>
      > work - it asks for about half the size of other runs which
      work fine <br>
      > (same machine, same queue, same compiling options, etc).<br>
      > <br>
      > The tiles are already down to 32x32 grid points, and I'm
      happily running <br>
      > configurations with a tile size almost twice as big and the
      same amount <br>
      > of vertical layers.<br>
      > <br>
      > I will try some different tile sizes but I think the problem
      must be <br>
      > somewhere else..<br>
      > <br>
      > Andreas<br>
      > <br>
      > <br>
      > <br>
      > <br>
      > On 18/05/18 00:35, Matthew Mazloff wrote:<br>
      >> Sounds like a memory issue. I think your executable has
      become too big <br>
      >> for you machine. You will need to reduce tile size or do
      something <br>
      >> else (e.g. reduce number of diagnostics or cut a package)<br>
      >><br>
      >> and check<br>
      >> size mitgcmuv<br>
      >> to get a ballpark idea of how much memory you are
      requesting<br>
      >><br>
      >> Matt<br>
      >><br>
      >><br>
      >><br>
      >>> On May 16, 2018, at 11:27 PM, Andreas Klocker <br>
      >>> <<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:andreas.klocker@utas.edu.au">andreas.klocker@utas.edu.au</a>
      <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:andreas.klocker@utas.edu.au"><mailto:andreas.klocker@utas.edu.au></a>> wrote:<br>
      >>><br>
      >>> Hi guys,<br>
      >>><br>
      >>> I've taken a working 1/24 degree nested simulation
      (of Drake Passage)<br>
      >>> with 42 vertical layers and tried to increase the
      vertical layers to 150<br>
      >>> (without changing anything else apart from obviously
      my boundary files<br>
      >>> for OBCS and recompiling with 150 vertical layers).
      Suddenly I get the<br>
      >>> following error message:<br>
      >>><br>
      >>> forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault
      occurred<br>
      >>> Image              PC                Routine Line
             Source<br>
      >>> <a moz-do-not-send="true" href="http://libirc.so">libirc.so</a> <<a moz-do-not-send="true" href="http://libirc.so">http://libirc.so</a>>
               00002BA1704BC2C9  Unknown <br>
      >>> Unknown  Unknown<br>
      >>> <a moz-do-not-send="true" href="http://libirc.so">libirc.so</a> <<a moz-do-not-send="true" href="http://libirc.so">http://libirc.so</a>>
               00002BA1704BAB9E  Unknown <br>
      >>> Unknown  Unknown<br>
      >>> libifcore.so.5     00002BA1722B5F3F  Unknown Unknown
       Unknown<br>
      >>> libifcore.so.5     00002BA17221DD7F  Unknown Unknown
       Unknown<br>
      >>> libifcore.so.5     00002BA17222EF43  Unknown Unknown
       Unknown<br>
      >>> libpthread.so.0    00002BA1733B27E0  Unknown Unknown
       Unknown<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  00000000004E61BC  mom_calc_visc_
      3345  mom_calc_visc.f<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  0000000000415127  mom_vecinv_ 3453
       mom_vecinv.f<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  0000000000601C33  dynamics_ 3426
       dynamics.f<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  0000000000613C2B  forward_step_
      2229  forward_step.f<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  000000000064581E  main_do_loop_
      1886  main_do_loop.f<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  000000000065E500  the_main_loop_
      1904  the_main_loop.f<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  000000000065E6AE  the_model_main_
      2394 <br>
      >>>  the_model_main.f<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  00000000005C6439  MAIN__ 3870
       main.f<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  0000000000406776  Unknown Unknown
       Unknown<br>
      >>> libc.so.6          00002BA1737E2D1D  Unknown Unknown
       Unknown<br>
      >>> mitgcmuv_drake24_  0000000000406669  Unknown Unknown
       Unknown<br>
      >>><br>
      >>> First this error pointed to a line in mom_calc_visc.f
      on which<br>
      >>> calculations regarding the Leith viscosity are done.
      As a test I then<br>
      >>> used a Smagorinsky viscosity instead and now it
      crashes with the same<br>
      >>> error, but pointing to a line where Smagorinsky
      calculations are done. I<br>
      >>> assume I must be chasing a way more fundamental
      problem than one related<br>
      >>> to these two viscosity choices...but I'm not sure
      what this might be....<br>
      >>><br>
      >>> Has anyone got any idea of what could be going wrong
      here?<br>
      >>><br>
      >>> Thanks in advance!<br>
      >>><br>
      >>> Andreas<br>
      >>><br>
      >>><br>
      >>><br>
      >>> University of Tasmania Electronic Communications
      Policy (December, 2014).<br>
      >>> This email is confidential, and is for the intended
      recipient only. <br>
      >>> Access, disclosure, copying, distribution, or
      reliance on any of it <br>
      >>> by anyone outside the intended recipient organisation
      is prohibited <br>
      >>> and may be a criminal offence. Please delete if
      obtained in error and <br>
      >>> email confirmation to the sender. The views expressed
      in this email <br>
      >>> are not necessarily the views of the University of
      Tasmania, unless <br>
      >>> clearly intended otherwise.<br>
      >>><br>
      >>> _______________________________________________<br>
      >>> MITgcm-support mailing list<br>
      >>> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org">MITgcm-support@mitgcm.org</a>
      <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org"><mailto:MITgcm-support@mitgcm.org></a><br>
      >>> <a moz-do-not-send="true" href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
      >><br>
      >><br>
      >><br>
      >> _______________________________________________<br>
      >> MITgcm-support mailing list<br>
      >> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br>
      >> <a moz-do-not-send="true" href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
      > <br>
      > -- <br>
      >
      ===============================================================<br>
      > Dr. Andreas Klocker<br>
      > Physical Oceanographer<br>
      > <br>
      > ARC Centre of Excellence for Climate System Science<br>
      > &<br>
      > Institute for Marine and Antarctic Studies<br>
      > University of Tasmania<br>
      > 20 Castray Esplanade<br>
      > Battery Point, TAS<br>
      > 7004 Australia<br>
      > <br>
      > M: +61 437 870 182<br>
      > W:<a moz-do-not-send="true" href="http://www.utas.edu.au/profiles/staff/imas/andreas-klocker">http://www.utas.edu.au/profiles/staff/imas/andreas-klocker</a><br>
      > skype: andiklocker<br>
      >
      ===============================================================<br>
      > <br>
      > <br>
      > <br>
      > _______________________________________________<br>
      > MITgcm-support mailing list<br>
      > <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br>
      > <a moz-do-not-send="true" href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
      > <br>
      _______________________________________________<br>
      MITgcm-support mailing list<br>
      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org">MITgcm-support@mitgcm.org</a><br>
      <a moz-do-not-send="true" href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a><br>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
===============================================================
Dr. Andreas Klocker
Physical Oceanographer

ARC Centre of Excellence for Climate System Science
&
Institute for Marine and Antarctic Studies
University of Tasmania
20 Castray Esplanade
Battery Point, TAS
7004 Australia

M:     +61 437 870 182
W:     <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.utas.edu.au/profiles/staff/imas/andreas-klocker">http://www.utas.edu.au/profiles/staff/imas/andreas-klocker</a>
skype: andiklocker
===============================================================</pre>
  </body>
</html>