<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Dear all,</p>
    <p>Maybe I'll close my own question and leave a (admittedly not
      entirely satisfactory) fix for reference. Turns out the problem
      was more fundamental, and the output data looks plausible only
      because I integrated in depth, which happens to be generate
      plausible looking results. The red flag in this case appeared in
      the read field section in STDOUT.* and indicates that the files
      have been read wrong e.g. the mitgcmuv drawing of the same
      bathy.bin looks speckled<br>
    </p>
    <p>+r+r-r-r-r-+r+<br>
      +r+r-r-r-r-+r+<br>
      +r+r-r-r-r-+r+<br>
      +r+r-r-r-r-+r+<br>
      ....................<br>
    </p>
    <p>which is an output from mitgcmuv compiled a few days ago. instead
      of<br>
    </p>
    <p>++----------++<br>
      ++----------++<br>
      ++----------++<br>
      ....................</p>
    <p>from the same mitgcmuv compiled about two months ago, where
      symbols mean different heights. <br>
    </p>
    <p>I fixed at least the readin this on ARCHER by reverting to the
      previously used intel compiler (ver 15 instead of 17, which was
      made default last week on ARCHER). This may also be related to the
      fact I am using an old version of MITgcm (62x I think)...I am at
      least reproducing what I had before now.</p>
    <p>Sorry for the spam,<br>
      Julian<br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 14/08/17 13:41, Julian Mak wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:b13f2377-274c-5d62-b2d7-4aaf6c65711a@ed.ac.uk">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
      Dear all,<br>
      <br>
      I have a slightly strange problem that I was wondering if anyone
      has suggestions on how to go about narrowing down the cause of
      problem. So the background is that I attempted a modification of
      the (admittedly a very out of date version of) layers package so
      that z(rho) and z^2(rho) may be time-averaged online, resulting in
      a measure of ePE ~ \int (gz^2 / 2) d\rho by doing some sums with
      the LAYERS_HU and LAYERS_HV variables (and copy and pasting chunks
      of code so I don't touch any of the existing diagnostics).<br>
      <br>
      On my local machine(s), in serial mode and turning on both the
      LAYERS_UFLUX, LAYERS_VFLUX options, it spits out extra files
      LAYERS_ZU and LAYERS_ZV (along with ZZV and ZZU) that I compared
      with an offline diagnoses of LAYERS_HU and LAYERS_HV and both the
      data associated with the UFLUX and VFLUX options get written fine.
      <br>
      <br>
      The odd thing then is that I put those modified files
      (layers_calc.F, layers_output.F, LAYERS.h) up on to a
      supercomputer (ARCHER) in parallel mode, and suddenly *all* the
      VFLUX outputs are messed up, but all the UFLUX stuff are as I
      expected and do in fact give believable results. Any suggestions??<br>
      <br>
      Thanks,<br>
      Julian<br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Julian Mak,
School of Mathematics,
The University of Edinburgh,
James Clerk Maxwell Building,
The King's Buildings,
Edinburgh, EH9 3FD
e-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:j.mak@ed.ac.uk" moz-do-not-send="true">j.mak@ed.ac.uk</a>
tel: +44 131 650 5040
www: <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://sites.google.com/site/julianclmak/home" moz-do-not-send="true">https://sites.google.com/site/julianclmak/home</a></pre>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">The University of Edinburgh is a charitable body, registered in
Scotland, with registration number SC005336.
</pre>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
MITgcm-support mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:MITgcm-support@mitgcm.org">MITgcm-support@mitgcm.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support">http://mailman.mitgcm.org/mailman/listinfo/mitgcm-support</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Julian Mak,
School of Mathematics,
The University of Edinburgh,
James Clerk Maxwell Building,
The King's Buildings,
Edinburgh, EH9 3FD
e-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:j.mak@ed.ac.uk">j.mak@ed.ac.uk</a>
tel: +44 131 650 5040
www: <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://sites.google.com/site/julianclmak/home">https://sites.google.com/site/julianclmak/home</a></pre>
  </body>
</html>